不同于原着，原着中联军总队长是第五代风影我爱罗，现在则由传奇忍者自来也担任！
指挥部依然是奈良鹿久、麻布伊两位火影智商天花板负责。
大野木以人老了为借口，推脱了其余职务，所以大名护卫队统帅的职责落在五代水影照美冥的身上。
情报部队：负责接收、传达各处情报的部队，队长由山中亥一、青两位共同担任。
第一部队：中距离联合军分队，统领达鲁伊。
第二部队：近战联合军分队，统领黄土。
第三部队：战斗近中距离联合军分队，原着中统领为卡卡西，现统领为猿飞阿斯玛。
第四部队：远距离战斗联合军分队，统领奈良鹿丸。
第五部队：战斗特别部队，统领三船。
此外，其他特殊部队建立的事宜还在陆续组建，由各队长负责。
比如单独的医疗后勤部队，队长静音。
又比如九尾护卫队，队长油女志微。
和原着一样，九尾不被允许参与战争。
不同于原着，虽然护卫队依然由油女志微负责，但是现在护卫队多了奇拉比和宇智波佐助两张王牌。
另外，晓的目标是抓捕尾兽，八尾在木下良一手中，那将是五大忍村最放心的一项！
只要木下良一手中握着八尾，那么所谓的“宇智波斑”就不可能施展月之眼计划！