朱慈烺也大发赏赐，其中封白翥、秦良玉、黄得功等人为侯为伯。就是远在四川的高杰也都被他考虑到，被封了伯。
而一路跟随他的李建泰，支持他的史可法，还有从福建赶过去的黄道周，在江南有名声的钱谦益都入了阁，组成了新的内阁。
仿照周显在山东所做的，朱慈烺按照吴甘来的提议，选用有才之人补充入朝廷。周围大臣也都给他举荐，一时间张煌言、张名振、郑森等青年才俊也进入了朱慈烺的眼中。
而朱慈烺还派人去见了朱聿键，想要和他议和，以将淮南收回。朱聿键虽然拒绝了，但朱慈烺的名声却因此水涨船高。
一时间，南京生机勃勃，远比以前北京那个死气沉沉更给人希望。