随着反顽击叛斗争的胜利，直南、豫北、鲁西南党组织广泛发动群众，初步实行民主、改善民生，建立抗日民主政权。
并在此基础上，于4月17日成立了冀南六县专员公署，4月30日建立了冀鲁豫区党委。
4月23日，黄克诚率领新组建的八路军第二纵队主力由太行来到冀鲁豫边区，与冀鲁豫支队统一整编。
华卓然任第二纵队司令员。同时，成立了冀鲁豫军区，黄克诚任军区司令员。至此，包括直南、豫北、鲁西南地区的冀鲁豫边区抗日根据地初步形成。
6月，日军1万多人“扫荡”冀鲁豫边区。华卓然指挥部队打了整整13天，歼灭敌人大批有生力量。
不久，黄克诚奉命率第二纵队和由原冀鲁豫支队改编的新二旅到华东加入新四军，冀鲁豫的部队只剩下3个团。
由于日寇接连不断的大“扫荡”，各分区的部队都在dú • lì 作战，军区能掌握的地方武装很少，要战胜多于八路军几十倍的敌人，困难很大。
这时，中央军委来电，征求华卓然等人的意见，是继续留在原地坚持斗争，还是去苏北地区发展根据地。
华卓然知道，这是中央体谅他们的困难，但他更知道，开辟冀鲁豫边区这块根据地确实不容易，他不能离开这片洒着烈士鲜血、埋着烈士忠骨的土地。
华卓然等向中央发电，决心同冀鲁豫人民一起坚持抗日斗争。
黄克诚离开以后，组建了新的第二纵队，华卓然仍任纵队司令员。
冀鲁豫军区则由一一五师三四四旅旅长杨得志任军区司令员。
1941年3月，敌人在华北推行第一次治安强化运动。
4月12日，日军1万余人、伪军1万余人对濮阳、内黄、滑县交界处的沙区进行“铁壁合围”。
华卓然率领纵队机关和主力一部掩护军区机关突出重围，跳到鲁西观城县。然后，奔袭敌人后方清丰县城及周围据点。
这一行动，打破了敌人的部署，缩短了敌人原定的“扫荡”时间。
这一次大“扫荡”之后，冀鲁豫边区敌情更为严重，周边地区驻有敌人重兵，根据地有日伪军7万多人，第二纵队的回旋余地越来越小，斗争形势更为严峻。
7月中旬，为了统一冀鲁豫平原抗日斗争力量，中共北方局、八路军总部决定，冀鲁豫边区和鲁西区合并为新的冀鲁豫边区，华卓然任第二纵队司令员、区党委委员。
两区刚一合并，军区司令员杨得志和政委苏振华就主持召开了边区军队高级干部会议，研究严峻形势下的军事斗争问题。
1942年秋，日寇对冀鲁豫地区又开始了“铁壁合围”式的大“扫荡”。
9月25日，日军分别在山东省聊城、莘县、郓城、巨野、济宁及河南省濮阳等地集结兵力，于26日夜间，秘密向冀鲁豫军区中心区合拢。
27日拂晓到达预定位置，形成了以河南省范县单堂村为中心半径约30公里的包围圈。杨得志紧急指挥军区领导机关向外线转移，于当日下午越过黄河故道到达南华地区。
接着，华卓然指挥二纵部队经过18天的浴血奋战，打破了敌人的“铁壁合围”。
1943年，日军春季大“扫荡”后，驻巨南地区(泛指济宁、菏泽以南，包括巨野、菏泽、成武、定陶、金乡、嘉祥、鱼台等县)的伪第二方面军北上。
蒋介石为实现其在山东建立fǎn • gòng 基地的战略意图，委任李仙洲为第二十八集团军总司令兼苏鲁豫皖边挺进军第一路总指挥，并许给李仙洲山东省主席职位。
4月，又委任路可贞为鲁西挺进军总指挥兼金乡、嘉祥、单县、曹县、定陶、成武、巨野、菏泽、郸城、蹼县十县联防办事处主任，拉开了向山东、冀鲁豫边区大举进攻的架势。
巨南地区位于苏鲁豫皖四省结合部，首当其冲。
军区司令员杨得志遵照中央军委一定要牢牢控制冀鲁豫边区这块战略要地，确保山西和山东、华北和华中抗日根据地的联系，控制日军南下和西去的指示，开展对敌斗争。
第二纵队在反顽斗争中本着“有理、有利、有节”的原则，一方面劝李仙洲、路可贞枪口对外，一致抗日，不要进攻我抗日根据地做亲者痛、仇者快的事；一方面在实际斗争中主动与其联络和通报情况，鼓励和欢迎他们北上抗日。
对李仙洲部的非友好行为，则采用政治斗争和善意批评的方法，促其改变对我的态度。
在这一方针指导下，湖西、巨南抗日根据地党政军民，力求与李仙洲部疏通关系，团结抗战。
但李仙洲部不但不听劝告，反而坚持fǎn • dòng 立场，继续与我为敌，步步向巨南抗日根据地中心逼进。
5月，李仙洲总部进入湖西地区单(县)场(山)边境。
6月，其先头部队进入巨南根据地中心区大田集一带。
6月16日，李仙洲指挥其主力8000余人及地方顽军2万余人，趁日伪“扫荡”巨南地区之际，从东、南、西三面包围了我湖西根据地中心区。巨南抗日根据地的形势变得十分严峻。
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