塞尔柱突厥人对波斯的统治从约公元1000年维持到1258年蒙古人入侵时。这些新来的蒙古统治者称为伊儿汗,起先是佛教徒或基督教徒,但约1300年前后,变为穆斯林。蒙古人毁坏了许多城市和灌溉工程,使波斯遭到相当长久的破坏;但是,这一苦难到1500年伊儿汗王朝为萨菲王朝所取代时,也终止了。

萨菲王朝的君主们是数世纪里波斯最早的土著统治者;沙?伊斯梅尔一世是这一新王朝的缔造者。他在位24年,靠自己的军事才能和宗教政策统一了整个波斯。他宣布伊斯兰教的什叶派为国教,并无情地镇压敌对的逊尼派。穆斯林这两派之间的分歧早在穆罕默德生前没有指定他的继承人即哈里发时就开始了。由穆斯林内部选举产生的最初的三任哈里发都不是穆罕默德的亲属;直到第四次选举时,穆罕默德的女婿(也是堂弟)阿里才当选为哈里发。什叶派坚持主张选举必须在天赋之权属于穆罕默德家族的基础上进行,他们认为只有阿里及其后裔才是哈里发的合法继承人。而逊尼派则相反,他们认为哈里发只是”信仰者社会的首领”;凡是由穆斯林内部选举产生的哈里发,他们都接受——因此,他们承认穆罕默德去世后的几位继任者。教义上的分歧也使这两派相对立。逊尼派将传统的《古兰经》教义和由该派学府中有名望的阿匐们口头流传下来的教义