虽然管理机构设置上承袭了宋金和创新，但是在元朝官方机构中大蒙古国的官职也被保留了下来，而且分布于每一级官方机构之中，且具有绝对领导地位。比如行省作为大元朝最高行政机构，设丞相一人，蒙古人担任，在路府州县蒙古人必须任达鲁花赤（行政长官），色目人任同知，其他的低级官员才可以由其他汉人、南人担任，这就造成在中央核心机构蒙古人占绝对多数，而在地方又是其他族人占大多数，有点头重脚轻的意思。
在这种二元制度下，大元朝黄金家族掌握着国家的最高权力，其他蒙古贵族控制在国家的中枢，负责制定国家政策，蒙古人在大元朝享有许多特殊待遇不纳税、不服徭役、当gāo • guān （元朝废除了科举制度，这个后面讲），而汉人、南人却处于被压迫的地位，为了维护蒙古人的特殊地位，忽必烈还下令实行分居制和禁止通婚制度，这都为后面国家矛盾激化埋下了祸根。
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