这让一直以建立一个“天主教帝国”的查理五世不满，他强行镇压了德意志信仰新教的王公贵族。
结果，这些新教国家联合起来，成立了一个施马尔卡尔登联盟，来反抗查理五世的天主教霸权。
查理五世强行与施马尔卡尔登联盟开战。
在战争的第一阶段（1546年—1548年）他打败了萨克森选侯约翰·腓特烈，并将投降的黑森侯爵（慷慨的）腓力一世监禁起来（1547年—1552年）。
然而，他是先胜后败。
新的战事于1552年爆发后，查理五世遭到一系列失利，遂与诸侯签订1555年奥格斯堡宗教和约。
而这个奥格斯堡宗教合约的签订，离不开一个人——匈牙利国王斐迪南。
也就是说，这个条约，是查理五世的弟弟斐迪南调和而成的。
此事一处，斐迪南的威望在德意志地区大张，而查理五世则大跌。
并且，为了哈布斯堡家族，查理五世被迫，也不得不将皇帝头衔和奥地利，让给了自己的弟弟。
更关键的是，在条约中规定，德意志地区信仰自由。
这让查理五世的“天主教帝国”梦破碎了，他的雄心壮志也随之消散。