要说清楚这个江阴巡检司的架构，就要提到南京的权力结构。
明成祖朱棣迁都燕京以后，在原来的首都南京，依然保留有一套完善的行政机构。六部、都察院、翰林院、国子监、二十四衙门、六科等，一色俱全。当然，这套行政机构，没有什么权力，除了几个要害的位置，基本上都是被燕京排挤到这里的官员。因此，在这里当官的，俗称养老官。每天的例会，俗称茶话会。但是，随着时间的推移，这套架构，又在慢慢的发生变化。渐渐的，一些职位，开始变得有权力。
最终，有三个职位，变得相当有权力。
第一个职位，当然就是南京镇守太监了。这个职位是南京留守最显赫的职位，也可以说是南直隶的一号人物。这个职位以前又叫南京守备太监，后来改称南京镇守太监。著名的郑和郑公公，七次下西洋回来以后，担任的就是这个职位。眼下的镇守太监，就是张彝宪。
第二个职位，叫做南京兵部尚书，负责南京周围军队的总体事务。眼下的南京兵部尚书是马士英，后来是著名的史可法。南京兵部尚书统辖南直隶的所有卫所，总共有二十多个卫，一百多个千户所，按照编制超过十万的官兵。不过，没有战兵。战兵都掌握在燕京兵部的手上。此外，这些卫所里面，到底可以拉出多少人，那也是未知数。
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