遵照军部的统一部署，1师1、3旅在第3、第4分区选择敌伪的要害狠打。
1旅围攻泰兴、姜堰，攻克古溪、黄桥、季家市、蒋垛等据点，毙伤大量敌伪军，并突然以主力回攻泰州，予敌12旅团部以强烈震撼。
3旅袭击林梓、余西、金沙、北刘桥敌伪据点，一个月作战10余次。
2旅在盐城以南，对自东台北犯盐城之敌节节抗击，予以杀伤和歼灭;敌占盐城后，2旅又转到其侧后，破坏盐城至东台敌交通线，打击其来往部队，阻止敌伪在盐城、东台间建立联络点。
并在伍佑、刘庄、白驹、西团、小海作战，以连为单位层层阻拦进攻之敌，击沉敌汽艇20余艘，后又乘敌占领盐城后仓促回兵之际，攻克裕华镇，活捉日军7名，全歼秦南仓据点之伪军。
日寇痛感苏中区抗日军民的威胁，不得不暂时放弃摧毁我新四军军部的企图，转而南下寻歼我苏中主力部队，企图首先控制苏中。
自此以后，苏中区一直成为华中日寇进攻的一个重点。
1941年8月13日，日伪军集中1万余人，由南通、如皋、海安、东台等据点出发，对我苏中进行第2次大“扫荡“。
全区军民已预有准备，广泛开展了反“扫荡“，与各路敌人纠缠、游击。
这次反“扫荡“，我军连续作战42昼夜，战斗130余次，毙伤日伪军1300余人，活捉日军14名，伪军800名，毁敌汽艇30余艘。
敌人占领了我李堡、栟茶、掘港等一批集镇。敌兵所到之处，大肆烧杀淫掠，根据地群众遭受摧残，心中抗日烈火更旺。
围绕着1师和苏中区机关活动的基本区东台三仓镇，敌我两方反复争夺，前后多达7次，每次均以敌人失败而告终。
其中最大的一次是1941年12月9日，潘家撇之日军石井大队及伪军700多人，乘敌我在如东丰利作战之时，分两路进占三仓。
我以第2、3、7共三个主力团及抗大9分校，将进攻之敌全部包围于三仓，经昼夜激战，予以重大杀伤。
可惜我火力不足，黎明时敌人突围窜逃。
这一年，1师共作战300多次，毙伤日伪军5000余人，俘虏日伪军近4000人。日伪占据了几乎全部城镇，控制了主要水陆交通线，安设了大小据点340多处，以据点和交通线为脉络，控制了据点附近和交通干线两侧的大部分农村。
但中共、新四军在不断胜利的斗争中赢得了时间，推迟了不少地区伪化的进程，限制了伪化的区域，保持了回旋余地较大、相对稳定的基本地区，还不断深入敌占区活动，开展游击战争，袭扰、打击日伪。
苏中抗日根据地仍控制全区土地面积的47%，人口的60%，并在接敌的边缘区逐步建立起敷衍日伪而主要为我们服务的“两面性政权“。
1942年6月，日寇鉴于对我苏中根据地进行的全面“扫荡“、分区“扫荡“、乘虚跃进、交通政策等都没有收到效果，再次变换方针，吸取华北铁壁合围和苏南“清乡“的经验，开始对我苏中地区进行“清剿“(“机动清乡“)。
从6月到10月，先后对我4分区、3分区、1分区开展了3期“清剿“。我各分区紧密配合，机动作战，数月中先后进行的较大战斗有石港攻坚战、海门袭击战、如西反击战、二窎歼灭战等。
在南通夏家渡战斗中，我第3旅7团一举歼灭日军南浦旅团52大队大队长保田中佐以下110名，俘虏3人。该团被新四军军部授予“老虎团“称号。
1942年9月，1师和苏中区实行精兵简政，对全师(军区)部队进行统一整编，各旅保留一个主力团(即第1、4、7、52团)，并予以充实加强。
其余主力团实行地方化，与各县团合并，成为地方团的骨干力量。
这次整编，使军区有主力在手，随时可以对重要方向实施突击，而各分区、各县也都有较强的武装作为机动兵力，配合区游击队和民兵，担负坚持原地斗争的任务。
进入1943年，是苏中抗战最艰难的日子，日伪在苏南继续推行“清乡“，在浙东进行“清乡“试验，而将“清乡“重点放在我苏中根据地。
日军首先选择临江濒海、易于分割封锁、对日伪威胁最大的我4分区，作为“苏北第一期''清乡''实验区“。
并划定天生港、丁埝之线以东，丁埝、马塘、南坎之线以南，东至黄海，南至长江为“清乡“区范围。
除调集伪第22、32、34师外，日军还从苏南抽调了第60师团2个大队、116师团1个大队和部分宪兵，以及大批“清乡“警察、特工和伪方行政人员，进驻“清乡“区内各集镇和重要村庄。
沿“清乡“区边沿，日伪军构筑了长达175公里的竹篱笆封锁圈，每隔一定距离构筑碉堡、瞭望哨，派兵驻守。
封锁了长江岸边大小口岸，仅留少数孔道，派兵把守。占领了沿海集镇，封锁了海上与陆上交通。
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